La historio daŭras tie, kie la unua sezono forlasis nur monatojn en la estonteco. Yuokai Gakuen estis riparita kaj la nova semestro estas survoje. Tsukune kaj bando revenis, kaj pli potencaj ol iam ajn. La vera identeco de Kontraŭ-Tezo malpeziĝas. Kun novaj kontraŭuloj aperantaj ĉe la horizonto, kaj io multe pli sinistra ol la bando iam antaŭe alfrontis.
Tsukune batalas kontraŭ la monstro ene de li. Kun la helpo de Moka, Mizore, Kurumu, Ruby, kaj Yukari. Tsukune trejnas por ricevi sian vampirsangon sub kontrolon kaj la forton por protekti kion li amas.
La nova sezono pli fokusiĝas al la knabinoj, ilia pasinteco kaj iliaj familioj. Novaj alfrontoj atendas ilin. Novaj amikoj kaj aliancanoj aliĝos al ili apud ili. Kune ili malkovros la sekretojn de la rozario de Moka kaj de ŝia genlinio ...
