Marie estas kaptita en terura situacio. Ŝi estas konstante turmentata de siaj samklasanoj kaj regule molestita de sia instruisto. Kun nenie alia loko, ŝi trovas sin peti supernaturan helpon de unu el la sep demonoj de la sep misteroj de sia lernejo. Ĉio, kion ŝi deziras, estas la morto de siaj kruelaj samklasanoj kaj instruisto. Ĝis kie Marie pretos iri por atingi la murdojn, kiuj liberigus ŝin de ŝia vivanta infero?
Higanbana no Saku Yoru ni okazas en nenomita lerneja medio kaj estas kunmetita de multaj memstaraj noveloj, ĉiu rakontata laŭ la perspektivo de studento aŭ laborantarano de la lernejo. Ĉi tiuj rakontoj prezentas ĉikanadon kiel ĉefan supran temon, ĉar la ĉefrolulo de ĉiu rakonto estas prezentita kiel viktimo de ĉikanado aŭ ĉikananto mem. Higanbana rondiras ĉirkaŭ serio de urbaj legendoj kaŭzitaj de supernaturaj estaĵoj nomitaj yōkai, ĉiu el kiuj postulas posedon de speciala "mistero" kaj mortigas iu ajn kiu provas esplori ĝin. Estas entute sep "misteroj" komence de la serio, kun multaj yōkai batalantaj unu la alian en daŭranta teritoria milito por posedo de ĉi tiuj misteroj, kiu estas donita al la sep yakai, kiuj venkas en la konflikto. . La ĉefroluloj de la rakontoj interagas kun almenaŭ unu el la loĝantoj de la lernejo yōkai, kiuj devigas la ĉefrolulojn trakti la konsekvencojn de siaj agoj pri ĉikanado.
