Lasta Ordo komenciĝas kiam la nanoteknologio de Desty Nova revivigas Alita en la ŝveba urbo Tiphares. La nigraj sekretoj de la urbo estas aĉe elmontritaj, sed ŝajnas esti iomete komplika mondo. Irante en spacon kun malnovaj kaj novaj kompanioj por lerni pli pri ŝia forgesita pasinteco kaj egale, por serĉi sian perditan amikon Lou Collins, Alita estas kaptita en interplaneda batalo inter la ĉefaj potencoj de la sunsistemo, kiu estis koloniigita. Survoje, ŝi formas aliancon kun tri el la Alita Kopioj, kiuj nun ekkredis por si mem, malagrabla superŝakulo, kaj Nova mem kiam ŝi eniras la Zeniton de Aferoj-Turniro (ZOTT), batalkonkurso okazigita ĉiun 10an de jaro. Inkluzive de la maniero, kiel la Tero aperis de kataklisma efika vintro, kiu ekstermis la plimulton de la publiko laŭlonge de la rakonto, montras pli da historio pri la agordo de Battle Angel Alita, kiu ne estis malkaŝita en la antaŭa kordo.
